In poche settimane, tuttavia, Marek ha cambiato club. Grazie a suo nonno, che aveva contatti con il club dello Slovan, Marek ha sostenuto i tre provini in campo. Tuttavia il trasferimento è stato tutt’altro che agevole, a causa delle pretese economiche dello Jupie, il club di provenienza di Hamsik. In quel frangente lo Slovan Bratislava non era in condizioni finanziarie di sostenerne l‘ingaggio. Tuttavia, pur di coronare il sogno di Marek, papà Hamsik ha venduto la Felicia, la macchina di famiglia; ha preso in prestito denaro da due amici, ricevendo così i finanziamenti necessari. A quel punto c’erano tutte le condizioni per il trasferimento di Marek allo Slovan, che ando così in porto il 6 agosto 2002.

Il titolo nelle giovanili
Per Marek i primi mesi allo Slovan non sono stati facili, catapultato a soli quindici anni in una realtà ambientale a lui del tutto nuova. Ciò malgrado Marek si è rapidamente inserito: un mese dopo il trasferimento allo Slovan è arrivata per lui la convocazione nella nazionale 'under 16'. Oltre a giocare per lo Slovan, il piccolo Hamsik frequentava il liceo dello sport. Nella stagione iniziale con la squadra di Tehelne ha avuto spazio negli allievi; in quella stagione successiva l’approdo nella squadra juniores. Dopo il suo arrivo lo Slovan ha conosciuto un‘ascesa mai toccata nelle precedenti 14 stagioni. Nella stagione 2003/04 ha vinto il campionato negli allievi e anche quello juniores. Inoltre, nel dicembre del 2003 è diventato il campione slovacco di calcetto. 

L'esordio in Serie A con un tifoso speciale, il presidente della Repubblica Slovacca
Nell'estate del 2004, Marek, pur facendo parte del settore giovanile, è stato convocato per la preparazione con la prima squadra dello Slovan, disputando le partite di preparazione. Il 24 luglio l'esordio con lo Slovan contro il Michalovce  (Lega 1), ad appena sedici anni  e con uno spettatore d’eccezione: il presidente della Repubblica Slovacca, Ivan Gašparovič. Dopo due settimane (7 agosto), Marek ha realizzato il suo primo gol nelo Slovan. Nella partita contro il Presov ha segnato di testa durante i minuti di recupero. Dopo sei partite è partito per Brescia ...