Dopo il trasferimento allo Slovan (nel 2004), Marek ha inanellato qualche presenza nelle nazionali giovanili. Nel mese di settembre è stato convocato nella nazionale ‚under 16‘. Ha indossato per la prima volta la maglia della nazionale slovacca il 14. ottobre del 2002 a Myjava contro la Repubblica Ceca. Un anno dopo l‘esordio sia nella nazionale Under 16‘ che nella Under 17‘. Ad ottobre, in occasione del torneo di qualificazione delle squadre nazionali Under 17‘ nell‘est della Slovacchia, Marek e‘ stato notato dall‘osservatore italiano del Brescia da cui è stato poi ingaggiato. A 17 anni non ancora compiuti Hamsik ha celebrato la prima convocazione nella nazionale ‚under 21‘.
 
La prima partita in Spagna

Nel gennaio del 2007 l’allenatore della nazionale under 21‘Ján Kocian è andato ad osservare Marek a Brescia, rimanendo entusiasta della sua prestazione al punto da inserirlo a febbraio  tra i convocati contro la Polonia, nella quale ha debuttato a 19 anni‘. Il primo gol Marek l‘ha realizzato ad ottobre del 2007, a Dubnica, contro il San Marino, contribuendo in modo significativo alla storica qualificaziione della Slovacchia al campionato del mondo nel 2010, in Sudafrica. Oggi, senza di lui, è difficile immaginare la nostra nazionale, di cui è divenuto capitano a soli 22 anni.
Gli allenatori di Marek nelle nazionali sono stati: Ivan Hucko, Ladislav Hudec, Stanislav Baran, Ladislav Petráš, Ján Kocian Vladimír Weiss. Toccherà a quest’ultimo pilotare  la nazionale ai mondiali 2010 in Sud Africa.