L‘asta per Marek Hamsik è stata vinta dal Napoli, tornato in Serie A dopo sei anni. IL giocatore della nazionale Slovacca ha firmato il 28 giugno 2007 il contratto quinquennale. Al Brescia sono andati  5,5 milioni di euro. A quei tempi, sotto il Vesuvio nessuna immagina quale fenomeno sarebbe diventato quel giocatore con la maglia numero 17.
La prima partita di Marek con la  maglia del  Napoli è stata il 15  agosto contro il Cesena, in Coppa Italia, e il nostro connazionale ha realizzato il primo gol in maglia azzurra. Nonostante la  giovane età, Hamsik si è subito rilevato un elemento imprescindibile per la formazione partenopea. La sua miglior azione in Serie A Marek l’ha realizzata il 16. settembre 2007 contro la Sampdoria, allora allenata proprio dall’attuale trainer partenopeo Walter Mazzarri.  Nel gennaio del 2008, Marek ha realizzato due gol contro la Lazio ed è diventato uno dei giocatori più forti della squadra partenopea, meritandosi il prolungamento del contratto fino al 2013. L'ultimo gol realizzato da Marek è stato contro l'AC Milan con una bellissima azione personale a fine stagione.  
Nella sua prima stagione stagione Hamsik ha realizzato complessivamente 9 reti stagionali, tutte su azione, diventando capocannoniere della squadra napoletana,.

Miglior giovane calciatore

La seconda stagione è cominciata con 3 gol all‘attivo nelle prime quattro partite. Nel mese di gennaio Marek è stato proclamato miglior giovane calciatore in Serie A. IL primo dall'estero a partire dal 1997!
Nel mese di febbraio, contro il Palermo ha realizzato il nono, nonché ultimo gol nella stagione 2008/09. Tuttavia, Marek è diventato per la seconda stagione consecutiva capocannoniere del Napoli. Il Celebre quotidiano inglese 'The Times' ha definito Marek come il dodicesimo più grande talento mondiale!
Ottimo anche l’inizio della stagione 2009/10 è stato un ottimo inizio: Marek è andato a segno nelle prime tre partite. IL 31. ottobre grazie ai suoi due gol il Napoli espugna l'olimpico di Torino per 3:2. Questo risultato viene dopo 21 anni! Ha finito la stagione 2009 realizzando l'ultimo gol contro il Chievo ed è entrato nella storia del Napoli.
In campionato e in Coppa Italia  con la maglia del Napoli ha realizzato un totale di 28 gol ed è diventato il centrocampista più produttivo in 80 anni di storia del club Napoli!
Nel gennaio del 2010 in un match contro la Sampdoria, Marek faceva la sua centesima partita con la maglia del Napoli.