Marek andava agli allenamenti con i genitori, il pallone erail suo unico giocattolo.
Aveva solo quattro anni quando suo padre lo ha iscritto al club di calcio Jupie Podlavice. La maggior parte del tempo giocava contro i giocatori più grandi di lui ma, pur essendo più giovane di loro, si notava la sua immensa classe. Marek sarebbe stato un grande talento. Aveva solo 5 anni quando nel 1992 è diventato il miglior giocatore del torneo dei pulcini. Spesso veniva proclamato quale migliore in campo andando sempre a segno. Già quando aveva soltanto 10 anni, Marek ha realizzato con la maglia di Jupie 9 reti nella partita contro il Žiar nad Hronom nel girone regionale dei esordienti.
 
Successo all'estero
Nel 1997 ha ottenuto il primo successo all'estero aggiudicandosi, con la squadra dello Jupie Podlavice, un torneo in Germania, a 10 anni. Lo Jupie ebbe la meglio realizzando un totale di 18 reti senza subirne alcuna, con Marek Hamsik capocannoniere della manifestazione grazie a 6 gol personale. L‘anno dopo sbarca per la prima volta in Italia, a Genova, dove Marek viene segnalato quale terzo giocatore piu‘ forte del torneo nella selezione dei giocatori della regione del Centro Slovacchia.
 
Record scorer
Nell'autunno del 1998 nella partita contro la diretta concorrente Dolna Strehova, Marek ha realizzato ben 16 reti. Questo record è ancora oggi imbattuto in Slovacchia. Nella stagione 1998/99 ha giocato per Jupie nei gironi provinciale e regionale. In trentotto partite ha realizzato 111 gol!
All'inizio del millennio attuale, il club Jupie Podlavice ha ottenuto successi storici. Gli esordienti sono andati avanti nella II. Lega e un anno dopo nelle nazionali. Il motore della squadra è stato sempre Marek Hamsik.

Prova a Sparta
Le sue doti naturali hanno notato anche gli osservatori dello Sparta Praga. Marek superò il provino senza difficoltà. In quel periodo vigeva però la regola che un club poteva impegnarsi per un giocatore solamente se uno dei genitori era presente. Entro la data stipulata (giugno del 2002) i genitori di Marek non hanno trovato lavoro a Praga e perciò il suo trasferimento nel più famoso club ceco non è andato in porto.
Le persone del club Jupie Podlavice alle quali Marek si sente maggiormente legato sono l‘allenatore Ivan Štulajter e Peter Štefaňák.