Nel mese di ottobre del 2003, la squadra nazionale under 17‘ al torneo di qualificazione per le  nazionali nelle citta‘ slovacche Vranov nad Topľou e Presov si e‘ qualificata grazie a Marek. E‘ stato lui uno dei migliori giocatori in campo a dispetto dei suoi sedici anni. In tre partite ha fatto tre gol. La sua performance ha attirato l’attenzione del manager del Brescia Maurizio Michelli. Di seguito, Marek e‘ stato invitato insieme a suo manager Juraj Vengloš e suoi genitori a nord d'Italia. Lì, ha visto l'alloggio, la scuola e le condizioni per allenamenti. A dicembre del 2003 hanno firmato il contratto secondo il quale Marek doveva passare al Brescia nell'estate del 2005. Dopo una modifica della legislazione in Italia, Marek si è trasferito sulla penisola appenninica un anno prima. Il Brescia ha pagato allo Slovan Bratislava per il giovane talento 60 000 euro.

Ottimo inizio
A causa delle formalità di trasferimento, l’esordio di Marek  nella squadra juniores del Brescia è avvenuto non prima di novembre. In Italia per un lungo periodo in molti non sapevano pronunciare bene il suo nome (ad esempio Hamsýk Marck). Nel campionato Primavera il Brescia ha pareggiato 1:1 con Modena. Il gol delle rondinelle è stato siglato proprio da Hamsik, cui il quotidiano italiano Corriere dello Sport gli ha dato il voto piu‘ alto di tutti i giocatori di Brescia, il 7. A fine novembre si è inserito tra i capocannonieri e  divenne ben presto un giocatore chiave della squadra.

Gol al AC Milan
All'inizio del anno 2005, ha iniziato ad apparire regolarmente nella formazione della Serie A. Il 20. marzo, quando aveva 17 anni, ha fatto il suo debuttato con la maglia del Brescia in Serie A. Contro il Chievo ha giocato per 25 minuti. L’arbitro e‘ stato allora Pierluigi Collina, allora considerato il migliore arbitro del mondo. Dopo Miloš Glonek (Ancona) a Vratislav Greško (Inter Milan, Parma) Marek e‘ stato il terzo slovacco a giocare nella Serie A!

A partire dalla stagione 2005/06 è entrato in pianta stabile nel Brescia in Serie B. Ha iniziato a giocare con il numero diciassette sulla maglia, che ha fino ad oggi.
La sua prima rete col Brescia fu fatta l‘11 gennaio del 2006 contro il AC Milan in Coppa Italia!
Nel primo anno di Serie B ha giocato 24 partite.
Nella stagione 2006/07, nonostante la giovane età, ha realizzato 10 gol in quaranta partite Il primo gol è arrivato il 19 settembre 2006 alla prima di campionato contro il Treviso (calcio di rigore al 96‘). E l'ultimo in maglia azzurra del Brescia il 26 Maggio 2007 contro il Vicenza. Era ormai chiaro che Marek stava per spiccare il salto in Serie A
E chi sono le persone del Brescia ai quali Marek deve tanto? Il Manager Maurizio Michelli e gli allenatori Alberto Cavasin, Rolando Maran, il boemo Zdeněk Zeman, Mario Somma e Serse Cosmi, oltre che naturalmente l’intero club