Bitku o angažovanie Mareka Hamšíka vyhral Neapol, ktorý sa do najvyššej talianskej súťaže vrátil po šiestich rokoch. So slovenským reprezentantom podpísal päťročnú zmluvu 28. júna 2007. Na konto Brescie putovalo 5,5 milióna eur. Vtedy ešte pod Vezuvom netušili, akú zlatú rybku získali...
Na prvý súťažný zápas v drese Neapolu nastúpil Marek 15. augusta proti Cesene. Bol to duel Talianskeho pohára a náš reprezentant zaznamenal prvý gól v drese modrých. Napriek jeho mladého veku patril k oporám Neapolu. Premiérový zásah v Serii A zaznamenal 16. septembra proti Sampdorii, ktorého vtedajším trénerom bol Walter Mazzarri. Ten neskôr viedol Mareka v Neapole. V januári 2008 zaznamenal proti Laziu dva góly. Marek sa vypracoval za najväčšiu hviezdu mužstva a vedenie Neapolu s ním 12. apríla predčasne predĺžilo zmluvu do roku 2013. Sezónu zakončil gólom po krásnom sóle do siete AC Miláno.
V úvodný rok v drese Partenopei mu vyšiel vynikajúco. S deviatimi gólmi sa stal najlepším strelcom mužstva, pričom ani jeden nedal z penalty.
Najlepší mladý hráč
Druhú sezónu začal parádne, v prvých štyroch zápasoch zaznamenal tri góly. V januári získal svoju prvú individuálnu cenu v Taliansku. Vyhlásili ho za najlepšieho mladého hráča Serie A. Prvého zo zahraničia od roku 1997!
Vo februári proti Palermu zaznamenal deviaty gól v sezóne. Ukázalo sa, že to bol posledný v sezóne 2008/09. Napriek tomu sa stal druhýkrát za sebou najlepším strelcom Neapolu. Anglický renomovaný denník The Times označil Mareka za dvanásty najväčší talent sveta!
Do sezóny 2009/10 mal výborný štart štart. Skóroval vo všetkých troch úvodných zápasoch. 31. októbra aj vďaka jeho dvom gólom vyhral Neapol na ihrisku Juventusu 3:2. Partenopei sa to podarilo po 21 rokoch! S rokom sa rozlúčil gólom proti Chievu a zapísal sa do dejín Neapolu.
V Serii A a v Talianskom pohári dal za modrých celkovo 28 gólov a stal sa najproduktívnejším stredopoliarom klubu vo svojej viac ako osemdesiaťročnej histórii!
V januári 2010 si v zápase proti Sampdorii obliekol v súťažnom dueli dres Neapolu už po stý raz. Trinásteho marca v dueli proti Fiorentíne nastúpil s páskou na ruke. V ten deň mal 22 rokov a 229 dní a stal sa najmladším kapitánom v histórii Neapolu. O dva týždne neskôr v dueli proti Juventusu nastúpil na svoj stý zápas v Serii A. A oslávil ho gólom do siete turínskeho tímu. V sezóne 2009/10 zaznamenal celkovo dvanásť gólov. Tretíkrát za sebou sa stal najlepším sezónnym strelcom modrých.
V polovici septembra roku 2010 predĺžil zmluvu s Neapolom do júna 2015. V priebehu mesiaca chytil skvelú formu, v troch dueloch trikrát skóroval. V novembri vyšla o Marekovi kniha s názvom „Najmladší kapitán.“ Pokrstil ju neapolskou trávou legendárny Pavel Nedvěd.
Počas celej sezóny 2010/11 patril k ťahúňom tímu a výrazným spôsobom pomohol Neapolu k celkové tretiemu miestu a postupu do Ligy majstrov. Celkovo zaznamenal v súťažných zápasoch za modrých trinásť gólov, čo je jeho doterajším klubovým rekordom. Celkovo v sezóne 2010/11 vrátane zápasov za reprezentáciu absolvoval až 59 súťažných zápasov!
Už prípravné zápasy pred sezónou 2011/12 naznačili, že Marek bude mať opäť skvelú formu. Potvrdil to hneď v úvodnom zápase v Serii A, keď skóroval na ihrisku Ceseny. Túto trefu venoval do nebies. Pre bývalého kapitána slovenskej hokejovej reprezentácie a kamaráta Pavla Demitru, ktorý tragicky zahynul pri havárií lietadla. Gól, ktorý Marek zaznamenal proti Cesene, bol jeho 42. v najvyššej talianskej súťaži. A dostal do prvej desiatky historicky najlepších strelcov Neapolu!
Skvele vstúpil aj do Ligy majstrov. V premiérovom zápase na ihrisku Manchesteru City ho vyhlásili za najlepšieho hráča. A v ďalšom súboji proti Villarrealu zaznamenal svoj úvodný gól v tejto prestížnej súťaži.
V prvý októbrový deň roku 2011 trafil proti Interu, čo bol jeho jubilejný, päťdesiaty gól v drese Neapolu v súťažných zápasoch. A Marek mal leví podiel na postupe modrých do osemfinále Ligy majstrov. V rozhodujúcom dueli na ihrisku Villarrealu bol opäť najlepším a podarilo sa mu aj skórovať.
V januári 2012 sa slovenský stredopoliar dostal do najlepšej jedenástky roka Serie A za rok 2011, ktorú vyhlásila Asociácia talianskych futbalistov.